Năm 1698, Hòa Thành là phần đất nằm trong đạo Quang Phong thuộc phủ Gia Định. Vào thời kỳ này, đất đai Hòa Thành phần lớn là rừng rậm hoang vu. Hạt Tây Ninh lúc bấy giờ mới có 2 quận: Trảng Bàng và Thái Bình.

Năm 1942, quận Thái Bình đổi tên là quận Châu Thành thì Hòa Thành chỉ là phần đất Đông Nam quận.

Năm 1959, Chính quyền Việt Nam Cộng hòa chia quận Châu Thành thành 2 quận: Phước Ninh và Phú Khương. Quận Phú Khương gồm 11 xã; quận lỵ đặt tại Suối Đá, sau dời đến chợ Long Hoa thuộc xã Long Thành. Địa bàn quận Phú Khương tương ứng với thành phố Tây Ninh, các huyện Hòa Thành, Tân Châu và một phần các huyện Tân Biên, Dương Minh Châu ngày nay; huyện Hòa Thành ngày nay chỉ gồm phần nhỏ diện tích đất của quận Phú Khương xưa.

Về phía chính quyền cách mạng, thời kỳ 1955 - 1956, thành lập huyện Tòa Thánh gồm 4 xã: Hiệp Ninh, Ninh Thạnh, Long Thành, Trường Hoà.

Cuối năm 1960, giải thể huyện Tòa Thánh, sáp nhập với huyện Dương Minh Châu, lấy tên là huyện Phú Khương. Nhưng sau đó huyện Dương Minh Châu lại tách ra.

Sau năm 1975, huyện Phú Khương có 6 xã: Hiệp Ninh, Long Thành, Ninh Thạnh, Suối Vàng Cạn, Thạnh Tân, Trường Hòa.

Ngày 14 tháng 3 năm 1979, huyện Phú Khương đổi tên thành huyện Hòa Thành, trên cơ sở chữ cuối của các xã Trường Hòa và Long Thành ghép lại, cho đến ngày nay, mặc dù số lượng xã có thay đổi.

Ngày 4 tháng 4 năm 1979, địa giới huyện Hòa Thành có sự điều chỉnh như sau:

• Chia xã Long Thành thành các xã Long Thành Bắc, Long Thành Trung, Long Thành Nam và thị trấn Hòa Thành
• Chia xã Hiệp Ninh thành xã Hiệp Ninh và xã Hiệp Tân
• Chia xã Ninh Thạnh thành xã Ninh Thạnh và xã Ninh Sơn
• Chia xã Trường Hòa thành xã Trường Hòa, xã Trường Đông và xã Trường Tây
• Xã Suối Vàng Cạn đổi tên thành xã Tân Bình.

Cuối năm 2000, huyện Hòa Thành có 1 thị trấn Hòa Thành và 12 xã: Hiệp Ninh, Hiệp Tân, Long Thành Bắc, Long Thành Nam, Long Thành Trung, Ninh Sơn, Ninh Thạnh, Tân Bình, Thạnh Tân, Trường Đông, Trường Hòa, Trường Tây.

Ngày 10 tháng 8 năm 2001, các xã Tân Bình, Ninh Sơn, Ninh Thạnh, Thạnh Tân, Hiệp Ninh và 139 ha diện tích tự nhiên với 7.815 nhân khẩu của xã Hiệp Tân được sáp nhập vào thị xã Tây Ninh (nay là thành phố Tây Ninh).

Từ đó, huyện Hòa Thành còn lại 8.816 ha diện tích tự nhiên và 129.040 nhân khẩu, có 8 đơn vị hành chính trực thuộc là các xã: Long Thành Nam, Long Thành Trung, Long Thành Bắc, Trường Tây, Trường Đông, Trường Hòa, Hiệp Tân và thị trấn Hòa Thành.

Ngày 21 tháng 4 năm 2016, khu vực thị trấn Hòa Thành mở rộng được công nhận là đô thị loại IV.

Ngày 27 tháng 12 năm 2018, toàn bộ huyện Hòa Thành (gồm thị trấn Hòa Thành và 7 xã trực thuộc) được công nhận là đô thị loại IV.

Cuối năm 2019, huyện Hòa Thành có 8 đơn vị hành chính trực thuộc, bao gồm thị trấn Hòa Thành (huyện lỵ) và 7 xã: Hiệp Tân, Long Thành Bắc, Long Thành Nam, Long Thành Trung, Trường Đông, Trường Hòa, Trường Tây.

Ngày 10 tháng 1 năm 2020, Ủy ban thường vụ Quốc hội thông qua Nghị quyết số 865/NQ-UBTVQH14.[1] Theo đó:

• Thành lập thị xã Hòa Thành trên cơ sở toàn bộ diện tích và dân số của huyện Hòa Thành
• Thành lập phường Long Hoa trên cơ sở toàn bộ diện tích và dân số của thị trấn Hòa Thành
• Chuyển 3 xã: Hiệp Tân, Long Thành Bắc, Long Thành Trung thành 3 phường có tên tương ứng.

Sau khi thành lập, thị xã Hòa Thành có 4 phường và 4 xã như hiện nay.